在生物化学和分子生物学领域，分子互作实验是揭示生物分子结构和功能的重要手段。对于初入科研领域的新人来说，了解和掌握这些实验方法至关重要。

一、蛋白质-蛋白质分子互作实验

免疫沉淀（IP）

原理：利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合，以及细菌蛋白质的“Protein A/G”特异性结合到抗体的Fc片段，从而富集和纯化目的蛋白。

应用：用于目的蛋白的定性和定量分析，是抗原检测和纯化的常用方法之一。

免疫共沉淀（Co-IP）

原理：基于IP反应捕获和纯化靶蛋白，如果样品溶液中存在与靶蛋白相互作用的目的蛋白，也会被一同捕获及纯化。

应用：研究体内蛋白质间的生理性相互作用，确定两种蛋白质在完整细胞内的相互作用。

GST Pull-down

原理：将靶蛋白-GST融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽琼脂糖磁珠上，作为诱饵蛋白，捕获与之相互作用的目的蛋白。

应用：验证两种已知蛋白质可能存在的直接相互作用，或寻找可能与目标蛋白存在相互作用的未知靶蛋白。

Far-Western Blotting

原理：将靶蛋白固定在膜上，用诱饵蛋白作为探针去检测膜上的靶蛋白，再利用特异性抗体孵育、检测。

应用：体外检测蛋白间相互作用，验证已知蛋白间的相互作用，或分析已知蛋白和未知蛋白间的相互作用。

二、蛋白质-RNA分子互作实验

RIP（RNA Binding Protein Immunoprecipitation）

原理：用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白，免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。

应用：检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间的相互作用。

RNA Pull-down

原理：使用体外转录与生物素标记RNA，与细胞或组织的提取液进行孵育，形成RNA-蛋白质复合物，再通过磁分离与孵育液中的其他成分分离。

应用：研究IncRNA、circRNA与蛋白质之间的相互作用。

三、蛋白质-DNA分子互作实验

染色质免疫共沉淀（ChIP）

原理：在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机切断为染色质小片段，通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。

应用：检测与蛋白结合的DNA序列，研究转录因子或组蛋白修饰。

四、蛋白质-DNA/RNA互作实验

凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSA）

原理：基于蛋白-探针（DNA或RNA）复合物在凝胶电泳过程中迁移较慢的原理，检测蛋白质与核酸的相互作用。

应用：定性和定量分析DNA结合蛋白和其识别基序的直接相互作用，也可用于研究蛋白-RNA互作。