药物筛选是创新药物研发的核心环节，是挖掘活性化合物、锁定药物靶点、推进新药临床转化的关键基石。随着生物医药行业快速发展，研发靶点日趋复杂，传统筛选技术通量低、依赖性强、结果偏差大等问题逐渐凸显。针对药物研发中的差异化、专业化需求，青云瑞晶搭建了专注于已知靶点筛选活性小分子的ASMS亲和质谱和专注于已知小分子反向筛选作用靶点的LiP-MS、TPP化学蛋白质组学的药物筛选技术体系。两项业务各司其职、独立运作，可为不同研发需求的药企与科研院所提供精准定制的筛选方案，大幅提升药物筛选效率与精准度，全方位助力创新药物研发与老药新用研究。

一、ASMS亲和质谱：基于质谱检测的高通量化合物初筛核心技术

亲和质谱筛选（ASMS）是完全基于质谱检测的小分子与靶标蛋白相互作用高通量筛选技术，核心用于新药研发前期苗头化合物大规模初筛，是药物筛选前端的核心工具。该技术流程清晰，首先完成靶点确认，严格把控蛋白质、RNA、生物复合物等靶点的纯度与功能完整性；随后根据研发需求挑选适配的化合物库，将靶点与小分子混合物共同孵育形成蛋白-配体复合物；再利用超滤、磁珠、分子排阻色谱（SEC）等方式分离结合态与游离态小分子；最后对复合物变性处理，借助LC-MS/MS高分辨质谱完成分子定性定量鉴定，结合数据分析锁定活性小分子，还可进一步开展亲和力KD测定与结合机制验证。ASMS依托质谱检测的特性形成四大突出优势，具体如下：

1、高通量

可一次性处理数百至数千个化合物，适配数十万级大型化合物库批量筛选；

2、适用范围广

无需引入标签，支持膜蛋白、核酸等各类难点靶点原生态筛选；

3、机制无偏好

不依赖酶活检测体系，可无差别识别各类配体相互作用；

4、结果精准

标准化实验流程搭配高分辨质谱检测，保障数据的准确性与可重复性。

青云瑞晶配备种类丰富的化合物库，涵盖类药化合物库、天然产物库、活性化合物库以及激酶抑制剂库、FDA上市药物库等特色库，多款商用化合物库化合物数量可达数万至三十万，为基于质谱检测的大规模药物筛选提供充足物质支撑。目前该技术已广泛应用于激酶、膜蛋白、靶向核酸药物等多个赛道的初筛工作。

二、LiP-MS与TPP：基于化学蛋白质组学的小分子药物靶点筛选技术

在药物研发的过程中，用药物来筛选作用靶点是一个非常重要的环节，能否发现并验证到正确的药物靶点直接关系到后续药物研发的成败。青云瑞晶推出的LiP-MS与TPP，均基于化学蛋白质组学技术体系，专门用于小分子药物靶点筛选。

1、有限蛋白水解质谱技术（LiP-MS）

有限蛋白水解质谱技术（LiP-MS）的核心逻辑为：小分子药物与蛋白结合会改变蛋白空间构象，进而影响蛋白酶切割位点的可及性。实验中将小分子药物与细胞裂解物共同孵育，经有限酶切后，结合药物的靶蛋白会产生特异性肽段；通过质谱定量对比给药组与空白组肽段丰度差异，即可精准锁定小分子对应的蛋白靶点，同时定位药物结合位点。

作为化学蛋白质组学工具，LiP-MS无需对药物分子进行探针修饰，兼容菌体、组织液、细胞裂解液等多种复杂生物样本，可在接近天然生理环境下完成原位分析，同步获取蛋白丰度与结构变化双重信息，适用于小分子药物靶点筛选、药物作用机制解析、老药新用靶点挖掘等场景。

2、热蛋白质组学分析（TPP）

热蛋白质组学分析（TPP）同样依托化学蛋白质组学实现小分子药物靶点筛选。药物分子与靶蛋白结合后会改变蛋白热稳定性，该技术通过梯度温度处理细胞、组织等蛋白样本，结合质谱完成全蛋白质组定量，对比蛋白热熔曲线变化，筛选出受小分子调控的潜在靶点。该化学蛋白质组学技术单次实验可覆盖3000–8000种蛋白，实现全蛋白组层面靶点挖掘，既能识别小分子直接作用靶点，也可捕获下游间接调控蛋白，支持活细胞、组织原位检测，最大程度还原胞内真实药物作用环境，是小分子靶点验证、疾病标志物挖掘的核心方案。

当下全球药物筛选行业正朝着高通量、精准化、原位化方向发展，青云瑞晶将持续优化两条核心技术路线，扩充多元化特色化合物库，持续输出标准化、定制化药物筛选服务，助力更多创新药物研发落地，推动国内生物医药产业高质量发展。