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一文读懂微晶电子衍射(MicroED)及其在结构生物学中的应用
发布日期:2025 . 07 . 25
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MicroED(微晶电子衍射)技术是晶体学领域的一项颠覆性技术, 在 2018 年被《Science》杂志评选为年度十大科技突破之一。其主要通过电子束对微小的晶体进行衍射,然后收集衍射数据并进行结构解析。由于MicroED的独特优势,除了生物大分子之外,对化学小分子、天然产物、药物制剂的研究也很合适。

MicroED 简介

传统结构生物学中的X射线衍射手段有着对晶体结构的较高要求(一般需要>10μm就可),而大晶体的培养通常难度高、耗时长、不确定性大,而且很多分子只能形成纳米级别的晶体。

MicroED是基于冷冻电镜而发展出的前沿技术。相比于 XRD 技术,MicroED 采用高能电子束,可以直接使用纳 米级微晶收集数据、鉴定结构,从而极大缩短了结构研究中最耗时费力的湿实验的流程,节约实验成本,优化实验结果。

图1. MicroED原理

MicroED的原理类似于X射线晶体学。电子波同X射线一样,照射到类似晶体的样品上时也能够发生衍射现象。当中间镜的物平面位于物镜的后焦面时,将在荧光屏上得到经中间镜和投影镜放大了的电子衍射谱,即为透射电子显微镜的衍射模式。在实际的透射电子显微镜中,成像模式和衍射模式的中间镜电流已设置好,通过相应按钮(Diffraction按钮)即可实现两个模式的切换。MicroED对结构生物学领域起到了很好的补充。

表1. SCXRD 和 MicroED 技术对比

实验流程

1.样品制备

挑选合适大小的蛋白晶体,如晶体尺寸大于1um,需要使用冷冻离子束对蛋白晶体进行切割,获取薄厚适当的晶体切片,最佳尺寸在几百纳米左右。

2.数据收集

将载有样品的电镜载网插入电镜中,将电子束对准微晶,连续旋转微晶以收集电子衍射数据。

3.数据处理

用标准X射线晶体学软件对这些数据进行处理、解析和精修,最后得到精确的晶体结构。

应用案例

▶ IL5RA-AF17121多肽复合物

IL-5是Th2细胞分泌的细胞因子,参与调控嗜酸性粒细胞的功能,与T2-低哮喘和高嗜酸性粒细胞综合征有关。IL-5与IL-5受体结合可激活IL-5发挥作用,因此干扰IL-5受体的激活成为大家研究的方向之一。

AF17121是IL-5的抑制性多肽,在2019年被报道与IL-5受体的α亚基(IL5RA)结合,从而抑制IL-5与IL-5受体的结合。

「青云瑞晶」利用 MicroED 三维电子衍射技术成功解析了 IL5RA-AF17121 多肽复合物结构。

图2. Cryo-FIB和MicroED衍射图 (A)10μM大小的晶体;(B)晶体铺到铜网并用Cryo-FIB切成200nm薄片;(C) MicroED收集衍射数据

根据收集到的衍射数据结合软件解析IL5RA-AF17121多肽复合物的结构,分辨率为3Å。

图3. IL5RA-AF17121复合物结构

▶ HIV-1蛋白酶与制剂的结构

在HIV病毒成熟期间,HIV-1蛋白酶会切割Gag蛋白,从而组装出成熟的HIV病毒。因此,潜在的治疗策略是阻断Gag与HIV-1蛋白酶的相互作用。小分子抑制剂bevirimat就是设计用来抑制HIV-1蛋白酶的的活性的,但由于足够尺寸的晶体样品获取困难,用X射线晶体学的方法不能解析HIV-1-Gag-bevirimat的共晶结构。蕞终通过MicroED解析了HIV-1-Gag-bevirimat共晶的结构。

该结构揭示了bevirimat和蛋白之间的静电和疏水相互作用,为基于结构的药物设计和开发出更有效的抑制剂供了基础。

图4. 用MicroED技术解析的HIV-1-Gag-bevirimat结构[1]

▶ GPCR蛋白A2AAR

膜蛋白的结构解析一直是困扰学术界的难题,Lipidic cubic phases (LCP)技术能够帮助膜蛋白进行结晶,因此极大的促进了膜蛋白晶体学的发展。但用LCP技术长膜蛋白晶体往往长出的是微晶,晶体尺寸达不到XRD收集的要求,却十分适合MicroED技术。

下图便是MicroED技术解析的GPCR蛋白A2AAR。A2AAR是一种重要的潜在药物靶标,研究表明,其与肿 瘤、帕金森病、药物成瘾和精神疾病等有重要关系。

图5. MicroED技术解析的膜蛋白A2AAR结构[2]

▶ 化学小分子及天然产物案例

除了生物大分子之外,MicroED对化学小分子、天然产物、药 物制剂的研究更加合适。因为化学小分子呈现粉末状,尺寸上与其的研究范围非常契合,很多利用MicroED研究化学小分子的成功案例都验证了此技术的高 效性和应用性。

✅ 粉末样品结构解析

MicroED对所解析晶体的尺寸要求极低,所以针对一些很难培养大尺寸单晶的药物,我们可以直接从粉末中挑选合适的微晶颗粒。晶体的最小维度尺寸只需大于100nm ,即可使用MicroED进行结构解析。

✅ 共晶药物结构解析

该共晶药物两种配体通过氢键结合,常规单晶培养手段会导致氢键解离。使用MicroED对粉末药物进行原位结构解析并确认分子的绝对构型,确定了该共晶药物的结构以及两种配体的比例。

✅ 解析小分子绝对构型

MicroED发射的电子束与药物分子中的原子相互作用,获得的电子衍射图谱具有较强的动力学效应,手性不同动力学效应不同。动力学精修可以确认手性化合物的绝对构型,避免错误的手性产生不同的生物学效应。

MicroED 等结构解析技术平台

「青云瑞晶」提供专业的结构解析技术服务,自拥有单晶X射线衍射(XRD)、冷冻电镜单颗粒法(CryoEM-SPA)、MicroED 三种结构解析技术平台,根据蛋白质的不同性质,提供不同的解决方案,结合精良高端的实验设备、经验丰富的高学历科研团队,为您提供从蛋白表达开始的一站式结构解析服务,灵活多样化满足您的多种科研及工业界需求。

服务优势

先进的技术与平台

国内首家MicroED商业平台,先进的电镜设备配合自主研发软件,获取最好的结构数据。

北大专家领衔团队

国内最权威的MicroED领域专家带队,保证项目顺利进行。

提高晶体解析成功率

针对10微米以下尺寸蛋白晶体的解决方案,破解更多蛋白质结构。

参考文献

[1] PURDY M D, SHI D, CHRUSTOWICZ J, et al. MicroED structures of HIV-1 Gag CTD-SP1 reveal binding interactions with the maturation inhibitor bevirimat [J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 2018, 115(52): 13258-63.

[2] MICHAEL W. MARTYNOWYCZ A S, ET AL. MicroED structure of the human adenosine receptor 2 determined from a single nanocrystal in LCP [J]. biorix, 2020.

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